De grondwet van 1967 garandeert godsdienstvrijheid en erkent het katholicisme als de officiële religie. Van de bevolking is 90 procent katholiek. Het aantal protestanten bedraagt ca. 100 000. Zij zijn verdeeld over 14 denominaties, waarvan die van de mennonieten de grootste is. Er zijn oude missieposten, gesticht door de Jezuïeten aan de oevers van de Rio Paraná. De missieposten zijn een van de grootste sociale experimenten op het zuidelijke continent.

Oorspronkelijke religie in Paraguay
De Guarani, oorspronkelijke bewoners, hebben hun eigen oude tradities in stand gehouden. Zij geloven in mythes zoals het verhaal over Pombero, een mannetje met een gemene kop. Onverklaarbare gebeurtenissen worden door de Guaraní aan Pombero toegeschreven. Om hem gunstig te stellen, leggen de Paraguayanen ‘s nachts soms sigaretten en rum voor hem neer.