Het landschap van Honduras bestaat ongeveer voor een derde uit bos. Dit zijn zowel dennenbossen als bijvoorbeeld mangrovebossen en tropische regen- en nevelwouden. In de tropische regenwouden komen honderden verschillende boomsoorten voor. Helaas is ontbossing aan de orde van de dag. Om dit enigszins tegen te gaan, worden steeds meer natuurgebieden in Honduras uitgeroepen tot Nationaal Park. Deze regenwouden zijn het woongebied van talrijke dieren zoals beren, krokodillen, leguanen, poema's, panters, vlinders en zeeschildpadden. Daarnaast is er een enorme verscheidenheid aan vogels zoals papegaaien, ijsvogels en toekans. Het gebied rondom de Bahía-eilanden in de Caribische Zee is rijk aan diverse tropische vissen.